建国后南通市档案，主要是自1949年以来中共南通市委、 南通市人民政府及其所属各部委办局，企事业单位形成的。这部分档案反映了南通市(1983年地市合并以后包括海安、如皋、如东、南通、启东、 海门县）解放以来机构建立、干部任免、城市建设、工农业生产、文教卫生、交通运输、土改、民主改革、增产节约等方面的情况，是南通市发展历程的真实记载。
截止2025年底，这部分档案共有559个全宗，档案1364539卷、1007319件。
按档案的门类分：有文书档案、科技档案、专门档案（会计档案、人物档案等）、声像档案、实物档案等等。
按档案的内容分为：
1、综合工作方面:有会议记录；有历届人民代表大会、历年先进集体、先进个人、表彰会、劳模会的材料；有镇反肃反、三反五反、抗美援朝、支前、工业学大庆、农业学大寨等历次的政治运动形成的档案；有工作计划、总结、请示报告、工作简报等。
2、农业生产方面:有关于农业生产、农副产品的征购、收购计划；有关于土地征用、山林、农机、水利、防汛防旱等方面的文件。
3、工业交通基本建设方面:有关于工业、手工业和乡镇企业生产的计划和发展、投资的措施以及管理的方法；有基本建设发展规模和城、乡建设规划；有关于交通运输等方面的文件。
4、财政、税务、金融、商业、贸易、社会保险工作方面:有关于税收、财政开支、资金管理使用以及产、供销、市场调节等方面的文件；有关于计划、统计、物价、审计、粮食、商业、供销等工作方面的文件。
5、政法、治安保卫、人武、民兵工作方面:有关于划定地主、富农、资本家成份；反革命、贪污盗窃和投机倒把的审理结果；有关于公安、检察、法院、司法等工作的规范性文件；有关于人武部划归地方以及民兵建设方面的文件。
6、民政工作方面:有关于社会救济、互助、扶贫、结婚登记、拥军优属、复退安置、义务兵役等方面的文件。
7、文教卫生方面:有关于文化、教育、文物、卫生防疫、计划生育、体育、幼托等工作的方面的文件。
8、组织机构、劳动人事、福利工作方面:有关于机构建撤、干部任免、人事处理、奖励惩罚等方面的文件；有关于工资、劳保福利、劳动保护、劳动力管理的文件；有机构编制、招干、提干、就业、分配、调动、工伤事故、退休、知青、错案复查、职称评定等方面的文件。
9、信访、文书、档案工作方面:有关于人民来信来访接待、处理及文书、档案的管理、保密工作等文件。
10、有关于宗教、侨务等方面的政策。
11、有企事业单位（包括破产企事业单位）形成的各类文件、资料。
12、各个机关、企事业单位的各类会计凭证、帐簿、报表等。
近年来，南通市档案馆加快建设高水平的档案资源体系和便捷的档案利用体系，有效解决了人民群众在涉外婚姻、落户办理、职称认定、退休保障等方面遇到的问题，积极为工作查考、学术研究、编史修志、主题展览、宣传画册、新媒体传播等提供丰富翔实的档案资料，推动各项活动取得良好社会效果，充分发挥了档案记录历史、资政育人、文化传承的独特作用。