南通地方民国档案，是1913年至1949年8月间国民党南通党、政、军、警、特等机关形成的档案，共19个全宗34473卷，内容包括以下六个部分。
第一部分是党务活动档案。主要是国民党苏北清乡地区党务办事处及南通县党部，南通县青年团指挥部、三青团南通分团形成的档案材料。内容有清乡地区党务办事处，南通县党部与各机关组织来往文书、县党部的工作报告、党团会议记录、党团组织机构和人员名册等。这些材料如实记载反映了南通国民党和三青团组织建立，分布和活动情况。其中还有国民党员入党申请书。
第二部分是政务活动档案。其形成机关是国民党南通县政府及其直属的民政科、财政科、社会科、建设科、教育科、地政科、军法室等部门。在整理户籍，编组保甲，救济、处理土地纠纷，建立自卫武装、维护地方治安、管理财政、金融、教育等方面事宜形成的档案。其档案数量约占馆藏民国档案的百分之三十，是民国档案的主要组成部分。这部分政务活动档案是以县政府为中心形成的，公文往来范围十分广泛，包含当时南通区和乡镇公所各种呈报文书，内容十分庞杂，其中较多的有：一是政令文书、行政法规，各机关的呈文和省县政府的指令等；二是会议文书，包括党政机关和团体、组织的会议记录，提案，决议，报告等各种会议材料；三是清册文书，县政府状况调查表、部队、机关、学校等各式各样的调查统计表以及各类人员名册。
第三部分是司法案件档案。主要是国民党南通县军法室、感训所和县警察局、法院、检察院在审理各类案件中形成的材料。其中有调查审理日伪汉奸案，有审理抢劫谋杀案、偷窃赌博、吸毒案件、民事纠纷等各种刑事和民事案件。此外，还有国民党反动当局关押迫害共产党、进步人士和革命群众的材料。
第四部分是商会档案。其形成机关主要是南通县公署、商业局、县商会形成的档案。其绝大部分是下属各商会，特别区各同业公会筹备，成立报告、组织章程、会议记录、理监理名单、入会志愿书、人员名册、经营报告、会员登记表等文书材料。
第五部分是军事活动档案。其主要是苏北清乡主任公署、南通保安司令部、南通县政府、中统局南通县室形成的档案材料。主要有各级组织规程、组织系统表、会议记录、还乡团组织办法、清乡工作报告、搜集共产党军、政活动情况、清剿工作计划、清乡名册等文件材料。
此外，在民国档案中，还有一部分反映交通、水利基本建设、宗教、慈善、风俗习惯等情况材料。
这些民国档案资料，真实地记载了南通地区国民党及日伪统治时期反动阶级残酷压迫人民，血腥镇压人民革命斗争统治南通的情况，同时也反映了南通人民在中国共产党领导下同国民党反动阶级进行艰苦卓绝英勇斗争情况。从组织机构设置演变到各项事业的创立开办；从城镇建设到社会的管理，从人文地理到风土人情，几乎无所不包，且都是在实际工作中形成的，历史悠久、史料珍贵，是南通历史文化遗产的重要组成部分，为我国建国后进行肃反、镇反和审干工作发挥了重要作用，也是编史修志和各项工作查考、历史研究不可缺少的重要材料和凭据；不仅对研究南通的民国史、近现代史、尤其是对南通地方史研究提供了可靠的第一手资料。自从党的十一届三中全会以来，我国已进入了一个新的历史发展时期，尤其是1988年1月《档案法》颁布以来，我馆对民国档案进行了划控开放，这批档案绝大多数已向社会开放，凡中华人民共和国公民，持有合法证明（如工作证、学生证、公民身份证等）均可查阅利用已开放的档案，我馆热忱欢迎社会各界到我馆查阅利用民国档案资料。