南通市档案馆馆藏资料按其价值、内容、责任者等特点分为内部资料和变通资料两个部分，现有内部资料30854册。
馆藏内部资料有很高的保存和利用价值，是馆藏档案的有力补充，馆藏这部分资料所记载的史实可追溯到公元前590年。
第一部分：革命历史资料主要是抗战前后至1949年2月南通解放期间，苏中区党委、地委、军分区创办的刊物和编印的有关会议文件汇编。有关于政权建设、反“扫荡”、反“伪化”、反“清乡”等方面的决定、指示、计划、总结、报告、通知、通讯报导，从多方面反映了南通人民在中国共产党的领导下进行艰苦卓绝英勇斗争的光辉历史，记载着当年对敌斗争的情景、采用的方针政策、取得的经验教训和汪伪时期、国民党统治时期，日本侵略者、国民党反动派对南通人民所犯下的罪行。如《方向》、《工作者》、《论群众路线问题》等。
第二部分：旧政权、旧企业、事业单位、个人资料包括了建国前南通旧政权机关、单位， 旧的企业、事业单位，以及个人编辑出版的反映南通政治、军事、经济、文化、宗教等方面情况的期刊、书籍。如《日本圆仁和尚入唐巡礼》，《陈实功──外科正宗》等。
第三部分：建国后本地文献资料主要有：反映地方革命历史的资料及反映南通地方政治、经济、文化、地域等方面的资料；如《中国工农红军第十四军历史文献资料》、《苏中四分区反“清乡”斗争简史》、《南通市志》、《乡土集》等。
第四部分：建国后外地法规性文件及其他重要材料汇编主要是关于统计、组织工作、编制工作、人事工作、 行政管理法规、干部理论教育文件、公安法令、民族政策、统战政策、经济政策法规、对外开放政策、涉外经济政策法规、计划经济工作文件、劳动政策法规、劳动工资政策文件、农村经济政策、中国工业经济法规、商业政策法规、粮食工作法规、现行财政法规、行政事业财务制度、税务法令、文教政策、人民交通法令等方面性文件汇编。
第五部分：建国后外地各种重要的统计资料，有关于人口、行政区划、农家收支调查、 华东区土地改革成果、国民经济、江苏省历届选举、省基本建设投资、农业生产、人民公社、工业生产、商业、税务、财政、文教卫、资源交通运输、水利、江苏省内部肃反运动、省农村经济收入分配等方面的统计资料。
这些资料是研究南通历史、编史修志、工作查考的珍贵史料。