南通在历史上有好多名称，如静海都镇、静海军、通州、通川、崇州、崇川……每个名称都有由来，反映了南通建置的变化和城市的发展。
五代时期胡逗州已与大陆涨连，其东方还有东洲、布洲、顾俊沙等较大的沙洲，吴国和南唐时统治这一带的是姚姓家族。姚氏的几个掌权者，姚制官称东洲镇遏使、其子姚廷，官称东洲静海军使，廷之侄姚彦洪有静海都镇遏使及静海制置使的头衔，还有官称东洲静海都镇遏使的姚存。这一带有了“静海”的地名，曾称静海都镇。后周显德五年（958），周军攻克淮河以南的地方，建立了静海军，不久又升为通州，设静海、海门两个属县，通州的名称从此用了近千年。
宋乾兴元年（1022）年幼的皇帝登位，不能料理朝政，由刘太后执掌国家大权，刘太后之父名叫刘通，太后用皇帝名义下令全国，凡地名有“通”的，应改名避讳，第二年，即天圣元年（1023）通州改称崇州，又称崇川。明道二年（1033），刘太后死去，刘家失去权势，皇帝又下令停止避讳，通州仍用原名。政和七年（1101）通州一度升为静海郡。通州另有别称，名叫通川，现在可见到通州最早的地方志志名便是《通川志》。通州建州时有静海、海门两个下属县，静海县为通州州治所在地。
元朝至元十五年（1278）元军占领通州，升为路，称通州路。至元二十一年（1284），又恢复为州，属扬州路管辖。明洪武二年（1369），废去静海县，通州除管辖海门县外还管理原静海县的辖地。明代以前通州的范围约在今南通市市区及通州、海门、启东三市一带。明代海门县受到海潮冲蚀，渐渐坍没，被迫四次迁移县治，清康熙十一年（1672），海门县境留吕四一角外，其余坍入江中，便废海门县，改为海门乡。清雍正二年（1724）通州升为直隶州，与府平级，先后属江苏、江宁布政使司管辖，为此把泰州的两个属县如皋、泰兴划属通州。到了乾隆年间，通州东部海域里的沙滩涨起，乾隆三十三年（1768）设海门厅，属江宁布政使司管辖，为今海门市的前身。海门乡为避免地名相混，改称静海乡，仍属通州。1912年中华民国成立后，州改为县，河北原也有通州，改称通县，为避免地名重复，江苏的通州改为南通县，与其他县之间不再有领属关系。
1949年2月2日，南通县全县解放，同日，实行南通市、县分治，城区、郊区和港闸区划归南通市，市区面积120.65平方公里，人口21.41万。2月5日，南通市人民政府成立。南通县的县治另设在金沙镇。
南通市初为专区辖市，1950年5月改为苏北行署直辖市。1953年1月改为江苏省人民政府直辖市。南通市周边的海安县、如东县、如皋县、南通县、海门县、启东县至1950年1月俱属南通专员公署管辖。1983年3月1日，根据国务院的决定，江苏省实行市管县新体制，海安等六县划归南通市领导，8月，南通市所辖为六县二区，市区设二区为城区和郊区。1989年起，启东、通州、如皋先后撤县建市，仍受南通市管辖。1990年，市区由城郊分设的二区体制，调整为城乡一体的二区体制并适当扩大范围，另设富民港办事处，城区将唐闸、天生港两镇划出，新增狼山镇及任港、钟秀、八厂三乡，1991年江苏省政府通知，正式改名崇川区。