根据市委办公室关于印发《南通市档案馆职能配置、内设机构和人员编制规定》，市档案馆设8个内设机构:
1.办公室
负责档案馆日常运转，承担文秘、机要、档案、保密、信访、会务、财务、后勤、资产管理、安全保卫、督查督办；负责干部人事、机构编制、队伍建设、教育培训等工作；做好老干部服务工作；拟订并实施馆中长期发展规划及年度计划，开展档案工作政策研究；负责起草综合文稿；负责档案职称工作；承担对外交流工作。联系电话：85216636。
2.业务指导处
受委托承担对全市各级各类档案馆业务指导工作，推进市各行业主管部门完善档案业务规范，开展专业档案制度体系建设；承担市级机关、团体、企事业单位和其他组织以及新农村建设、民生等重要领域的档案业务指导工作，组织重点工程项目、重大科技成果档案指导验收；受委托开展档案行政执法检查、查处档案违法行为。联系电话：85216632。
3.宣传教育处
负责档案宣传工作，承担档案微信微博等新媒体的信息发布；负责市档案馆档案史料陈列展览的策划和管理工作；受委托指导全市档案爱国主义教育基地、全国中小学生档案教育社会实践基地建设；组织档案专业教育培训与档案人才培养；受委托承担档案法治工作。联系电话：85216650。
4.信息技术处
承担档案信息网站的信息发布和技术维护；指导全市数字档案馆（室）业务，做好馆藏电子档案容灾备份和档案数据安全工作；推进市档案馆档案信息化建设，承担市属进馆单位、市属各大数据平台电子档案的技术指导、接收、存储、维护工作；组织档案科学技术研究，档案信息化标准规范研究起草、现代科技成果在档案馆工作中的应用；负责档案保管、保护技术装备计划拟订，设备配置使用与运行维护。联系电话：85216631。
5.征集编研处
拟订档案征集工作规划并组织实施；面向社会广泛征集重大活动、重要事件、重大项目、重要人物档案，负责整理移交进馆；开展口述历史采集建档，丰富红色档案资源；负责重要档案史料和历史课题的研究、编纂、出版及多媒体制作；负责档案馆指南的编制工作；加强对社会重点、热点问题研究，提供档案资政服务。联系电话：85216619。
6.接收保护处
依法依规接收进馆档案，定期组织归档信息审核，实施档案质量监管；承担馆藏档案资料整理、编目；承担档案史料的统计、抢救、修复和仿真复制等技术保护工作。联系电话：85216623。
7.保管利用处
承担馆藏档案资料保管、统计及库房管理。负责档案利用咨询、查档接待、利用统计分析、全宗指南编写；承担市级机关政府信息公开文件接收、整理、上架和查阅服务；组织开展馆藏档案资料的鉴定划控，依法开放档案。对破损严重的价值珍贵档案提出抢救、保护和数字化加工的工作建议。联系电话：85216621。
8.企事业档案管理处（南通市企事业档案馆）
负责统一管理全市改制企事业单位档案及应该集中统一管理的其他企业档案、资料；负责对馆藏档案进行规范整理、编目、鉴定，对破损严重的价值珍贵档案提出抢救、保护和数字化加工的工作建议；负责馆藏档案信息资源开发，为社会各界和职工个人提供查档服务。联系电话：59003888。
另按有关规定设立机关党总支。